Aegean SL ha delle navi veloci (italiane) monocarena che in caso di mare mosso semplicemente rallentano, ma navigano, al contrario dei catamarani che possono stare fermi in porto.
Con la prenotazione on line ti assicuri il posto e lo paghi. Poi con la email che ricevi ti rechi presso una agenzia convenzionata (che può essere anche un chiosco sul molo del Pireo da dove parte la nave) e ti fai stampare il biglietto che ti chiederanno all'imbarco (la sola prenotazione non basta per viaggiare)
Non ho idea di che cosa succeda in casa Olympic con la tua prenotazione, ma ricordo che lo scorso anno mi feci stampare la carta d'imbarco uno o due gg prima dall'albergatore dove mi trovavo. Ergo penso tu abbia ragione: check in on line solo 48 h prima. Non trattandosi di una compagnia low cost, le regole sono diverse da queste ultime che puntano a farti spendere anche per l'assegnazione del posto.