Sicuramente il periodo tra maggio e agosto non è l'ideale - dal punto di vista climatico - né per Cape Town né per la Garden Route: può essere abbastanza fresco o addirittura freddo, può esserci pioggia e vento. Se il mare è mosso non si può andare a visitare Robben Island, l'isola dove c'è la prigione di Mandela e dei suoi compagni di lotta, una visita da non perdere, di grandissimo valore storico e simbolico (e secondo me anche un dovere morale nei confronti di chi ha lottato contro l'apertheid). Però non è detto che sia tutti i giorni così, un giorno può essere bellissimo e quello dopo freddo e ventoso.
Il periodo è invece ottimo per i safari e per visitare la parte tropicale del paese, quella più a nord.

Più che altro - non solo per le differenze di clima da una parte all'altra del Paese - io credo che sia meglio dividere in (almeno)due viaggi parti così diverse e lontane del Sudafrica, un Paese che è grande 4 volte l'Italia e che è impossibile vedere bene in due settimane correndo da un aeroporto all'altro, come propongono molti tour operator. Anche le distanze da percorrere in macchina non sono da sottovalutare, considerando anche i tempi di percorrenza.
L'ideale, secondo me, sarebbe fare un viaggio nella nostra estate (loro inverno) tra Johannesburg, Kruger, Kwa-Zulu Natal (ci sono parchi molto belli in questa regione) e magari un altro nel nostro inverno (estate in Sudafrica) per Cape Town e Garden Route. Il Sudafrica è stupendo e merita molto più di due viaggi.
Se non è possibile e si preferisce concentrare tutto in un viaggio è meglio cercare di non strafare e saltare magari una tappa, piuttosto che vedere tanto e male.
Se ti è possibile viaggiare solo in quel periodo non ti scoraggiare: il Sudafrica è uno dei paesi al mondo con più giornate di sole all'anno per cui delle belle giornate le incontrerai di sicuro anche in giugno.

Rimango a tua disposizione per altre informazioni e consigli e non posso che strastrastraconsigliarti il Sudafrica, un paese meraviglioso e molto ospitale.