Ciao,
anche se in ritardo aggiungo anch'io qualche commento. Io sono andato l'ultima volta in Patagonia 4 anni fa a cavallo tra metà novembre e dicembre, quindi grosso modo il periodo in cui anche voi state organizzando il viaggio.
Per la Penisola Valdes l'avvistamento delle balene a novembre si fa ancora senza problemi. In piena stagione si può fare direttamente da riva senza aver bisogno di fare un'escursione in mare, anche se ovviamente dalla barca ci si avvicina di più. A novembre la maggior parte sta già prendendo il largo, quindi vicino a riva ce ne sono poche: con la barca per i primi 10/15 minuti non ne vedi, ma poi vedrai che ne incontrerete un sacco nelle quasi due ore di navigazione. Un consiglio: portati il grandangolo perchè quelle più curiose o non spaventate che stanno vicino alle barche sono veramente a pochi metri. Da quest'anno c'è una nuova imbarcazione: il Yellow Submarine. E' un po' più caro degli altri, ma ha una fila di oblò sotto il livello dell'acqua per vedere le balene anche al di sotto. Se ci torno non vorrei perdermelo. Comunque nel mio viaggio, pur essendo già la fine di novembre, vidi due balene che nuotavano di fianco al molo a Puerto Madryn e una da terra vicino a caleta Valdes: questo per farti capire come sia tutto sommato facile l'avvistamento.
Per pernottare io non avrei dubbi: Puerto Piramides. P. Madryn a me sembrava di stare a Rimini (feci solo una sosta per il pranzo). Le varie estancias in giro per la penisola possono essere affascinanti, ma sono anche care. Comunque i prezzi che avete dato sono prezzi abbastanza normali per una estancia in Argentina, che solitamente offrono un tipo di alloggiamento di alto livello. A novembre se l'attrattivo di punta Delgada sono gli elefanti marini non so se ne valga la pena, perchè il quel periodo gli adulti sono già tornati in mare e restano solo i "piccoli", che stanno quasi tutto il tempo fermi. Sono abbastanza noisi come animali I pinguini e le balene sono 1000 volte più divertenti.
L'auto propria per girare la penisola aiuta a crearsi un proprio programma. Potete anche fare escursioni di gruppo. Se trovate una compagnia con una buona guida naturalistica che sappia mostrarvi e raccontarvi cose interessanti ne vale di sicuro la pena. La penisola non è solo ricca di animali marini, ma anche di animali terrestri: volpi (zorro), puzzole (zorrito), armadilli (quelli piccoli che chiamano "peludos"), nandu (struzzo della Patagonia), guanacos, uccelli vari come i fenicotteri, oltre ad animali allevati (ma un branco di cavalli che corre brado fa sempre la sua porca figura).

La Laguna San Rafael io la visitai una decina di anni fa su una traghetto merci della Navimag. Adesso però non credo facciano più quella crociera (durava 4gg da Puerto Montt). La maggior parte delle navigazioni che vanno alla laguna partono da Puerto Chacabuco che io sappia. Da Caleta Tortel non credo ci siano navigazioni che arrivino fin là, perchè sarebbe troppo lunga. Comunque a me come esperienza piacque moltissimo, anche se furono 4gg di pioggia quasi permanente.
A proposito di carretera austral e percorsi fuori mano: da Villa O'Higgins dovrebbe esserci un servizio bimodale (traghetto + minibus) di passaggio in Argentina a El Chalten. http://www.villaohiggins.com/crossing/border2.htm . Potrebbe essere una variazione divertente e se la fate poi raccontatemi!
Per l'auto a noleggio ricordate che se volete passare la frontiera vi serve il permesso (tipo la nostra carta verde) da richiedere preventivamente in agenzia.